Ян Мортенсон народився в сім'ї військового в Упсалі. 1960 року закінчив юридичний факультет Упсальського університету. У тому ж році почав працювати до Міністерства закордонних справ Швеції. З 1961 по 1963 рік був аташе шведського посольства у Бразилії. Надалі Мортенсон обіймав різні державні та дипломатичні посади у міністерстві закордонних справ, міністерстві сільського господарства та ООН. У 1970-х роках він був особистим секретарем та головою прес-служби короля Карла XVI Густава, з 1993 по 1996 виконував обов'язки шведського посла у Швейцарії. З 1996 року знову працює в ООН.
Був членом редакційної ради журналу «Детектив та політика».
З початку 1970-х Ян Мортенсон також займається літературною діяльністю. Він автор понад 50 детективних романів. Найбільш відома його серія романів про стокгольмського антиквара і детектива-любителя Юхана Хумана.
