Ян Мортенсон родился в семье военного в Упсале. В 1960 окончил юридический факультет Упсальского университета. В том же году начал работать в Министерстве иностранных дел Швеции. С 1961 по 1963 год был атташе шведского посольства в Бразилии. В дальнейшем Мортенсон занимал разные государственные и дипломатические должности в министерстве иностранных дел, министерстве сельского хозяйства и ООН. В 1970-х он был личным секретарем и главой пресс-службы короля Карла XVI Густава, с 1993 по 1996 исполнял обязанности шведского посла в Швейцарии. С 1996 года снова работает в ООН.
Являлся членом редакционного совета журнала «Детектив и политика».
С начала 1970-х Ян Мортенсон занимается литературной деятельностью. Он автор более 50 детективных романов. Наиболее известна его серия романов о стокгольмском антикваре и детективе-любителе Юхане Хумане.
